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B형 간염은 간경화, 간암으로까지 진행될 수 있기 때문에 조기 발견, 진단, 치료가 중요하다. 현재는 신생아부터 예방접종을 맞고 있기 때문에 우리나라 양성률은 점점 감소하고 있으며 특히 영유아, 10~20대의 성인에서 특히 줄어들었다. 

주 전파 경로는 비경구, 즉 혈액을 통한 감염이며 옛날에는 혈액 제제를 통해 감염되기도 하였다. 그 외 오염된 의료기구에 의해서나 성적 전파, 문신 등에 의해 감염되기도 한다. 소아에서 가장 중요한 전파 형태는 양성인 임산부에게서 태어난 신생아에게 전파된 감염이다.  

다른 간염 바이러스와 달리 간세포에 직접 손상을 주지 않고 T세포 매개 면역 기전에 의해 간 손상을 일으킨다. 

이 세포는 간세포 내 감염된 HBeAg와 HBcAg를 MHC 제1종 단백과 인식하여 세포를 파괴함으로써 바이러스를 체내로부터 제거한다. 면역 반응이 확실할수록 간세포 파괴가 심하다. 

HBV 유전형 C는 우리나라 대부분에서 발견되는데 B에 비해 더 심각한 질환을 초래한다. 유전형 변이는 항바이러스제의 내성과 관련이 있다.

출생 전후기 감염된 신생아는 90%에서 만성 HBsAg 보유자가 되지만 어린 영아의 경우 간효소가 약간 상승하거나 정상인 상태로 지내지만 드물게 심한 만성 활성 간염, 급성 전격 감염을 일으키기도 한다. 성인의 경우 절반 이상에서 무증상으로 약하게 지나가지만 25%에서는 급성 간염, 10%에서는 만성 HBsAg 보유자가 되기도 한다.

자연 경과는 면역 관용기, 면역 제거기, 비증식기로 나눌 수 있는데, 면역 관용기에는 감염된 간세포에 T 세포가 면역 관용을 가져서 ALT 수치가 정상이고 간 손상도 거의 없지만 바이러스가 증식하고 HBeAg 양성이다. 면역 제거기에는 ALT 수치가 상승하면서 간 조직 괴사가 동반된다. 비증식기는 감염된 세포가 제거되면서 HBeAg 혈청 전환(HBeAg 음전, anti-HBe 양전)이 생기고 바이러스 증식이 사라진다. 면역 제거기에 섬유화와 괴사가 심하고 오래 갈수록 간경화로 진행될 확률이 올라간다. 혈청 전환은 소아부터 40대까지 다양한 시기에 나타나지만 주로 10~30세가 흔하다. 그러나 면역 제거기에 들어가는 시기는 영아기부터 청장년기까지 다양하며 소아에서는 대부분 HBeAg 양성이다. 

대부분 무증상이지만 증상이 있을 경우 소아는 A형이나 C형 간염과 유사하며 조금 더 심한 증상을 보인다. 노출 후 약 1~6개월 동안 잠복기 후 발열, 피로, 구역 등 전구 증상을 보이고 두드러기, 발진 등 혈쳥병과 유사한 증상이 잘 동반된다. 그 외 사구체신염, 드물게 결절 다발 동맥염이나 혼합 한랭 글로불린 혈증 등도 발생할 수 있다. 이는 면역 복합체의 순환에 의해 혈관염이 각종 장기에 생겨 발생하는 것이다. 또한, 재생불량성 빈혈이 동반될 수 있다.